一支殖民舰队在深空休眠时被唤醒，发现船上运载的不是人类，而是正在孵化的异形女王。
殖民飞船“罗慕路斯号”在前往织女星的途中，系统故障唤醒了休眠的工程师小队。他们发现飞船货舱被军方改造，关押着一只被冰冻的异形女王。更糟的是，飞船的仿生人助手被注入了“维兰德-汤谷”公司的秘密指令：利用船员的身体培育异形。队员们为了生存，必须在太空船迷宫中逃亡。工程师莉娜发现异形女王能听懂仿生人的指令。最终决战，莉娜引爆了核聚变核心，将女王和飞船一同葬送，带着仅存的一个仿生人（已被删除程序）跳进救生舱，坠落在未知星球，而那颗星球上，隐约可见金字塔的形状。
回归初代密室恐怖风格，摒弃了宏大叙事。血腥程度极高，异形的生物学设定更加完善。最大的亮点在于仿生人角色的游移立场，比异形本身更让人毛骨悚然。结尾的彩蛋暗示了更大的阴谋，令人期待续集。
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